Silent Hill: Homecoming nos narra la historia de Alex Shepherd, un exsoldado que regresa después de estar hospitalizado. El juego comienza con una pesadilla, hecho muy común en la saga de Silent Hill; posteriormente vemos su regreso a casa, donde se da cuenta de que su hermano, Joshua, ha desaparecido.
 

Así nos adentramos en la búsqueda de Joshua por parte de su hermano, conociendo además el pasado de su hogar, de su familia y de su ciudad, Shepherd's Glen. A lo largo del juego será revelada una historia de horror y ritos que lo llevará a las calles de Silent Hill.